TMD sind gutartig und selbstbegrenzend, das heisst, dass die Beschwerden in aller Regel auch ohne Therapie wieder verschwinden. Sowohl Schmerzen der Kaumuskeln als auch solche der Kiefergelenke gehen normalerweise nach einigen Tagen spontan wieder zurück, ohne dass therapeutische Eingriffe dafür notwendig wären.
In einigen, eher seltenen Fällen können länger andauernde Beschwerden entstehen. Die stärksten Risikofaktoren für eine solche Verlängerung der Beschwerden, die so genannte Chronifizierung, sind psychischer Art. Zu diesen Risikofaktoren gehören Depression, Angststörung, posttraumatische Belastungsstörung und die Somatisierung, was die Neigung bezeichnet, auf seelische Impulse mit körperlichen Symptomen zu reagieren. Leider wird die starke psychische Grundierung der chronischen TMD gerne übersehen: und zwar sowohl von den Ärzten, die sich nicht auf das schwierige Terrain der psychischen Störungen einlassen wollen, als auch von den Patienten, die befürchten, als psychische Fälle eingestuft und dann nicht mehr ernsthaft behandelt zu werden. Beides ist ein krasser Mißstand: Ärzte, die die psychische Dimension des chronischen Schmerzes nicht berücksichtigen, werden oft therapeutisch scheitern, und Patienten, die diese Dimension verbergen und nicht anerkennen wollen, haben schlechtere Aussichten für eine Besserung ihrer Beschwerden.